内蒙古美术馆始建于1957年，是全国少数民族地区首个建成的美术馆。建筑面积1200平方米，展厅面积800平方米。

1992年，内蒙古自治区政府决定拆除旧美术馆并在原址重建，同时将新建美术馆作为自治区成立50周年重点项目。1997年4月16日，新建美术馆竣工并开馆运行。场馆位于自治区首府呼和浩特市新华大街与艺术厅北街交汇处。建筑面积4600平方米，展厅面积2000平方米。

为进一步适应和满足广大人民群众日益丰富和多元化的精神需求、推动自治区建设民族文化强区的战略目标、促进自治区文化事业全面繁荣，2012年，自治区政府决定再次新建内蒙古美术馆，新建工程作为自治区重点文化工程建设项目之一被列入了《内蒙古自治区“十二五”文化发展规划》和自治区成立70周年大庆献礼工程之一。2012年4月，自治区党委宣传部组织专家组赴河南省美术馆、浙江省美术馆、江苏省美术馆和中国美术馆进行了深入的考察和调研。

2013年2月5日，经自治区人民政府主席专题会议研究决定内蒙古美术馆迁址新建。

2013年4月16日，自治区发改委对内蒙古美术馆新馆项目建议书作出了批复。

2015年2月12日，自治区人民政府主席专题会议做出了关于内蒙古美术馆迁址新建项目立项等有关事宜的批复，确定新建美术馆项目总建筑面积为35893平方米，工程建设投资控制在4.2亿元。由自治区代建局负责建设施工。

2015年5月31日新馆工程开工建设，9月30日主体钢结构工程封顶。

2017年8月4日，内蒙古美术馆新馆正式开馆并免费对外开放。新旧两馆同步运行至2018年12月，旧馆交接工作顺利完成，新馆实现全面独立运行。